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我們之前更新過pyscenic的教程:pySCENIC單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析更新:數(shù)據(jù)庫、軟件更新。我們也說過,我們號是放棄R語言版的SCENIC的分析了,因為它比較耗費計算資源和時間,所以我們的單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析教程都是基于pyscenic的分析進行的。有很多小伙伴反應(yīng),自己在實際操作過程中,總是報錯,我猜測大多數(shù)是軟件的問題。有些說想知道整個運行過程是怎么樣的,所以我們出了這個視頻教程,演示整個pyscenic的流程。當然,我們還介紹了docker鏡像pyscenic分析。
單細胞轉(zhuǎn)錄因子的分析是需要利用服務(wù)器的:KS推薦:生信分析服務(wù)器。我們的這個視頻從數(shù)據(jù)準備、軟件安裝、步驟分析、鏡像分析等等方面,展示了pyscenic分析的過程,最終得到分析結(jié)果。
不知道什么原因,視頻這里上傳不成功,所以可從B站鏈接觀看:
https://www.bilibili.com/video/BV1Yj411r7dE/?spm_id_from=333.999.0.0&vd_source=05b5479545ba945a8f5d7b2e7160ea34
得到分析結(jié)果之后,那么后續(xù)的內(nèi)容也就好辦了,我們也寫了很多的R語言版的分析和可視化,以及python版本的分析可視化。
PySCENIC(二):pyscenic單細胞轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄因子分析
PySCENIC(三):pyscenic單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析可視化
PySCENIC(四):pyscenic結(jié)果之差異轉(zhuǎn)錄因子分析及其他可視化
pySCENIC單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析更新:數(shù)據(jù)庫、軟件更新
pySCENIC單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析更新(2):python版分析及可視化
pySCENIC可視化分析更新(3):python版可視化修改
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